新型冠状病毒M蛋白结构和B细胞表位预测

doi:10.13200/j.cnki.cjb.003308

科研成果详情

题名	新型冠状病毒M蛋白结构和B细胞表位预测
其他题名	Prediction of structure and B cell epitope of M protein of SARS-CoV-2
作者	叶晓鲜; 李明洋; 朱珊丽; 崔怀瑞; 王昱; 张丽芳
发表日期	2021-04-20
发表期刊	中国生物制品学杂志影响因子和分区
语种	中文
原始文献类型	学术期刊
关键词	新型冠状病毒 M蛋白生物信息学 B细胞表位预测同源性分析
摘要	目的预测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)M蛋白的结构及可能的B细胞优势表位。方法从NCBI GenBank数据库中检索SARS-CoV-2 M蛋白的氨基酸序列,应用计算机辅助生物信息学软件进行分析,利用ExPASy服务器上的ProtParam、SOPMA、GOR、Swiss Model分别预测M蛋白的理化性质、二级结构、三级结构;利用TMHMM、Phobius线上软件预测M蛋白的跨膜区域,并结合DNASTAR软件进行亲水性、柔韧性、表面可能性、抗原性及极性等综合分析;利用Vector NTI软件分析冠状病毒属M蛋白的同源性。结果 SARS-COV-2 M蛋白由222个氨基酸组成,为稳定的跨膜蛋白,以α螺旋为主。多种参数进行综合分析推测,其可能的B细胞优势表位为第5-14位氨基酸(NGTITVEELK)。SARS-CoV-2 M蛋白与SARS-CoV M蛋白、Bat SARS-like CoV的M蛋白同源性匹配最高,达90%。结论 5-14肽段为SARS-CoV-2 M蛋白可能的B细胞优势表位。本研究为实验确定SARS-CoV-2 M蛋白的B细胞表位、免疫识别提供了参考,为进一步研发疫苗奠定了基础。
其他摘要	Objective To predict the structure and possible B cell dominant epitopes of M protein of SARS-CoV-2. Methods The amino acid sequence of SARS-CoV-2 M protein was searched from the NCBI GenBank database and analyzed by using computer-aided bioinformatics software. The physic-chemical properties,secondary structure and tertiary structure of M protein were predicted by using ProtParam,SOPMA,GOR IV and Swiss Model on ExPASy server respectively,while the transmembrane region by using TMHMM and Phobius online software. The comprehensive analysis of hydrophilicity,flexibility,surface possibility,antigenicity and polarity were performed by using TMHMM and Phobius online software in combination with DNASTAR software. The homology of Coronavirus M protein was analyzed by using Vector NTI software. Results The SARS-COV-2 M protein consisted of 222 amino acids,which was a stable transmembrane protein mainly composed of α helix and random coil. Comprehensive analysis of various parameters speculated that the possible B cell dominant epitope was amino acids 5-14(NGTITVEELK). The M protein of SARS-CoV-2 showed the highest homology of 90% to those of SARS-CoV coronavirus and Bat SARS-like CoV. Conclusion The peptides 5-14 was a possible B cell dominant epitope of SARS-CoV-2 M protein. This study provided a reference for the experimental determination of B cell epitope of SARS-CoV-2 M protein and immune recognition,and laid a foundation of development of vaccines.
资助项目	温州市基础性科研项目基金（Y20180072）
ISSN	1004-5503
卷号	34 期号:04 页码:400-405
DOI	10.13200/j.cnki.cjb.003308
页数	6
收录类别	CNKI ; 万方 ; 维普 ; 北大核心 ; ISTIC ; CSCD
学科领域	医药、卫生 ; 基础医学
URL	查看原文
CSCD记录号	CSCD:6952462
CNKI分类号	R373
万方分类号	R373(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)
维普分类号	R373
CN号	22-1197/Q
引用统计
文献类型	期刊论文
条目标识符	https://kms.wmu.edu.cn/handle/3ETUA0LF/26468
专题	仁济学院_基础医学部
作者单位	温州医科大学仁济学院基础医学部解剖教研室分子病毒与免疫研究所
第一作者单位	仁济学院_基础医学部
第一作者的第一单位	仁济学院_基础医学部
推荐引用方式 GB/T 7714	叶晓鲜,李明洋,朱珊丽,等. 新型冠状病毒M蛋白结构和B细胞表位预测[J]. 中国生物制品学杂志,2021,34(04):400-405.
APA	叶晓鲜, 李明洋, 朱珊丽, 崔怀瑞, 王昱, & 张丽芳. (2021). 新型冠状病毒M蛋白结构和B细胞表位预测. 中国生物制品学杂志, 34(04), 400-405.
MLA	叶晓鲜,et al."新型冠状病毒M蛋白结构和B细胞表位预测".中国生物制品学杂志 34.04(2021):400-405.

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