EB病毒核蛋白-1B细胞表位的预测及其同源性分析

科研成果详情

题名	EB病毒核蛋白-1B细胞表位的预测及其同源性分析
其他题名	Prediction and Research on Homology of B-cell Epitopes of Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen-1
作者	李玲玲; 朱珊丽; 李文姝; 薛向阳; 张丽芳
发表日期	2011
发表期刊	生物医学工程学杂志影响因子和分区
语种	中文
原始文献类型	Periodical ; 学术期刊
关键词	EB病毒核蛋白-1 B细胞表位预测自身免疫性疾病
摘要	预测EB病毒核蛋白1 (EBNA-1)的B细胞优势表位,并与人体组织抗原序列比对,以分析两者匹配情况.以EBV-1型NA-1的氨基酸序列为基础,采用SOPMA、GOR和HNN方法,结合跨膜区域、亲水性等参数综合预测EBNA-1的B细胞优势表位;进一步采用blastp方法,比对分析预测的EBNA-1 B细胞表位与相关的人体组织抗原序列的匹配情况.结果提示:B细胞优势表位可能位于其N端16-23、35-78、332-337、340-357、398-404、419-432、620-637区域;其中部分表位的不同区域分别与小核糖核蛋白SmB、SmD,核蛋白SSA,不均一核糖核蛋白hnRNP A1、hnRNP G具有较高的匹配率.结果表明,用多参数预测可获得EBNA-1的B细胞优势表位,并可进一步分析其与人体组织抗原的相同或相似序列,为自身免疫性疾病的发病机制研究提供理论依据.
其他摘要	We predict in this paper B-cell epitopes of Epstein-Barr virus nuclear antigen-1(EBNA-1) and analyze the results matched with the related autoantigens sequence of human. We selected EBV-1 standard strain NA-1 amino acid sequence as the basis. We predicted B-cell dominant epitopes of EBNA-1 with the methods of SOPMA,GOR and HNN, combined with the multi-parameter analysis of transmembrane domain, hydrophilicity profile, surface probability, antigenicity index, polarity and average flexibility. The blastp method was adopted to analyze the matched results between the predicted B-cell epitopes of EBNA-1 and the related autoantigens sequence of human. The results have shown that the possible B-cell dominant epitopes of EBNA-1 were located in the N terminal regions of 16-23,35-78,332-337,340-357,398-404,419-432 and 620-637,in which different regions gained higher scores when matched with small nuclear ribonucleoprotein SmB, SmD, ribonucleoprotein SSA, heterogeneous nuclear ribonucleoprotein hnRNP A1,hnRNP G, respectively. It was available to predict B-cell dominant epitopes of EBNA-1 with multiparameter methods and to analyze the same or similar autoantigens sequences of human, which laid a theory foundation for the study of pathogenesis, diagnosis and treatment of autoimmune diseases
资助项目	国家自然科学基金资助项目;
ISSN	1001-5515
卷号	28 期号:2 页码:371-375
页数	0
收录类别	万方 ; PKU ; ISTIC ; EI ; CNKI ; 北大核心 ; CSCD
学科领域	医药、卫生 ; 基础医学
URL	查看原文
CSCD记录号	CSCD:4185893
引用统计
文献类型	期刊论文
条目标识符	https://kms.wmu.edu.cn/handle/3ETUA0LF/140114
专题	基础医学院（机能实验教学中心）_病原生物学与免疫学系_医学微生物学
作者单位	温州医学院,微生物学与免疫学教研室,温州,325000
第一作者单位	温州医科大学
第一作者的第一单位	温州医科大学
推荐引用方式 GB/T 7714	李玲玲,朱珊丽,李文姝,等. EB病毒核蛋白-1B细胞表位的预测及其同源性分析[J]. 生物医学工程学杂志,2011,28(2):371-375.
APA	李玲玲, 朱珊丽, 李文姝, 薛向阳, & 张丽芳. (2011). EB病毒核蛋白-1B细胞表位的预测及其同源性分析. 生物医学工程学杂志, 28(2), 371-375.
MLA	李玲玲,et al."EB病毒核蛋白-1B细胞表位的预测及其同源性分析".生物医学工程学杂志 28.2(2011):371-375.